Tree-Grass

De l’utilité d’un outil R-shiny pour illustrer l’analyse théorique d’un modèle minimaliste

J’ai commencé à travailler avec Yves Dumont (du CIRAD et de l’université de Prétoria) en 2019, à distance, je ne l’avais jamais rencontré. Et nous voilà maintenant, le 4 mars 2021, côte à côte au cours d’une animation scientifique au CIRAD (Saint-Pierre) pour raconter aux chercheurs de la Réunion la genèse d’un article que nous avons co-écrit avec Valaire Yatat et Pierre Couteron.

C’est l’histoire d’un modèle minimaliste de la dynamique des végétations dans les biomes de savane en Afrique.

Les mathématiques, les modèles, les équations différentielles, c’est un peu aride pour les chercheurs en écologie, ça fait un peu peur. Peut-être même que ça mord, ces bêtes-là !

Alors, mon rôle a été de créer un outil interactif pour explorer les résultats du modèle (en jouant avec ses paramètres). Cet outil est un package de R, il s’installe en une commande (remotes::install_gitlab("cirad-apps/tree-grass@0.1.0")) et se lance avec une autre (treegrass::run_app()). Il est facile à utiliser, il ne nécessite pas de compétences en programmation, il ne montre pas d’équations atroces !

Cette chose colorée s’appelle un diagramme de bifurcation. Le modèle permet d’exlorer la stabilité des paysages de type savane (en langage mathématique, on dit états stationnaires stables) en fonction de tout un tas de paramètres ayant un sens biologique, en particulier la pluviométrie moyenne et la fréquence d’incendies de savanne/forêt. Pour certaines valeurs de ces paramètres, plusieurs types de paysages coexistent, par exemple savane herbeuse/savane arborée, ou encore forêt/prairie. Et cela donne des paysages en mosaïque :

La publication de ce modèle et de son outil d’exploration se trouve ici : https://doi.org/10.1016/j.ecolmodel.2020.109381.

Anna Doizy
Anna Doizy
Freelance

Conseil et formation en statistiques.